La serie se sitúa en un futuro incierto pero muy cercano al presente. Kei Kusanagi es un muchacho que vive en un pequeño pueblo junto a sus tíos y asiste a la preparatoria como un chico normal, sin embargo sufre una extraña y desconocida enfermedad que lo hace caer en estados de inconsciencia de forma impredecible los que pueden durar minutos o años. Un día una joven maestra llamada Mizuho Kazami es contratada en el colegio y se vuelve la tutor de su clase y su vecina. Casi de inmediato Kei descubre que se trata de una alienígena que ha venido a la Tierra en una misión de investigación y tras